La lactancia es aconsejable para la gran mayoría de madres y bebés. Sin embargo, hay algunas excepciones. En los Estados Unidos se recomienda a las mujeres que tienen VIH (el virus de inmunodeficiencia humana que provoca el SIDA) que no amamanten a sus bebés ya que pueden transmitirles el virus a través de la leche materna. Esta recomendación puede diferir en algunos países en desarrollo. Las mujeres que tienen tuberculosis activa y que no se han tratado con medicamentos tampoco deberían amamantar a sus bebés. (Sin embargo, las mujeres que reciben un tratamiento con fármacos para la tuberculosis pueden amamantar a sus bebés con seguridad.) Por lo general, no es necesario que la mujer deje de amamantar a su bebé si tiene una enfermedad, como la gripe por ejemplo, ya que le transmitirá los anticuerpos que lo protegerán contra esta enfermedad.

Las mujeres que se han sometido a una cirugía de mamas, para agrandarlas o reducirlas por ejemplo, deben consultar a su médico para determinar si pueden amamantar a su bebé. La mayoría puede hacerlo sin inconvenientes, aunque algunas pueden tener problemas, como por ejemplo no producir suficiente leche.

La mayoría de las mujeres que toman medicamentos para tratar condiciones crónicas (como alta presión arterial o el asma) o enfermedades agudas pueden amamantar a sus bebés en forma segura. Muchos medicamentos pueden aparecer en pequeñas cantidades en la leche materna, pero la mayoría no son nocivos para el bebé. No obstante, se recomienda a la mujer consultar siempre a su médico y al pediatra de su bebé antes de tomar un medicamento (incluidos los de venta sin receta y los preparados a base de hierbas) para determinar si es seguro durante la lactancia. En algunos casos, el médico podrá recetarle otro más seguro o aconsejarle que lo tome justo después de amamantar al bebé, de forma que la mayor parte del medicamento se elimine de su sistema antes la siguiente toma.

Hay un reducido número de medicamentos que, según se cree, puede presentar un riesgo para el bebé lactante. Es probable que la mujer que toma alguno de estos medicamentos deba dejar de amamantar a su bebé temporalmente y alimentarlo con fórmula mientras esté bajo medicación. Estos medicamentos incluyen los fármacos contra el cáncer, compuestos radiactivos (utilizados en ciertas pruebas de diagnóstico por imágenes) y ciertos medicamentos utilizados para tratar las jaquecas y la alta presión arterial. Las drogas ilegales, como la cocaína y las anfetaminas, también presentan un riesgo para los bebés lactantes, al igual que posiblemente las grandes cantidades de alcohol. Se aconseja a las mujeres evitar estas sustancias durante la lactancia.

Muchos bebés recién nacidos (amamantados y alimentados con fórmula) desarrollan ictericia, condición en que la piel toma un tono amarillento debido a la acumulación en la sangre de un pigmento llamado bilirrubina. En la mayoría de los casos, la ictericia desaparece sin tratamiento y no afecta a la salud del bebé. No obstante, se aconseja a los padres consultar siempre al pediatra si observan que la piel de su bebé toma un color amarillento. Algunos bebés con ictericia grave pueden necesitar tratamiento urgente para evitar daños permanentes al cerebro. Por lo general, la madre puede continuar amamantando al bebé aunque éste desarrolle ictericia. Pero si persiste más de una semana, el pediatra puede aconsejarle que deje de amamantarlo por un tiempo corto (uno o dos días) y que lo alimente con fórmula. Mientras tanto, la madre puede extraer su leche para continuar produciendo.

Las mujeres vegetarianas pueden amamantar a sus bebés pero deben consultar a su médico sobre su dieta ya que en muchos casos necesitan un suplemento vitamínico que contenga vitamina B12. Según un informe de los Centros para el Control y Prevención de Enfermedades, sin estos suplementos los bebés amamantados por mujeres que no consumen productos de origen animal pueden desarrollar anomalías cerebrales debido a la deficiencia de vitamina B12.

Por lo general, no debe amamantarse a los bebés con ciertos trastornos genéticos del metabolismo poco comunes. Los bebés con un trastorno llamando galactosemia no pueden procesar el azúcar presente en la leche y podrían morir o desarrollar retraso mental a menos que se eliminen todos los productos lácteos de su dieta. Los bebés con galactosemia deben alimentarse con una fórmula que no contenga productos lácteos. Los bebés con otro trastorno genético llamado fenilcetonuria no pueden procesar una parte de la proteína llamada fenilalanina, que se encuentra presente en la mayoría de los alimentos, incluyendo la leche. Estos bebés deben tratarse con una fórmula especial con un bajo contenido de fenilalanina para prevenir el retraso mental, aunque, en algunos casos, pueden consumir una pequeña cantidad de leche materna. Por suerte, las pruebas de diagnóstico precoz para neonatos permiten identificar a la mayoría de los bebés que padecen estos trastorno al poco tiempo de nacer, lo cual hace posible alimentarlos con fórmulas especiales.